怪盗雷朋三世收到神秘委托，目标是一枚由前纳粹科学家研发的“电脑细菌”软盘。这种软盘一旦植入任何指挥系统，病毒就会像细菌一样繁殖，瘫痪所有联网的军事设备。雷朋带着搭档次元大介和石川五右卫门潜入位于阿尔卑斯山的秘密基地，却发现对手是超级犯罪组织M.A.D.，其首领是雷朋父亲的老对手。更棘手的是，峰不二子这次立场不明，似乎同时被M.A.D.和某国情报机构收买。在安第斯山脉的火车追逐、雪地狙击战后，雷朋发现那张软盘其实是空的，真正的细菌病毒早已植入他的大脑，而他必须在72小时内破解这段“记忆密码”。
虽年代久远，但想象力超前。将电脑病毒具象化为“细菌”的概念设计非常有趣。手绘动画的打斗流畅度极高，尤其是五右卫门砍子弹的场面，极具美感。不二子的反复横跳依然是系列最大看点。
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